对钻石而言，净度指不存在内部缺陷（包裹体）或外部瑕疵。无瑕的彩色宝石可能比钻石更为罕见。虽然宝石净度越高越好，但是无瑕的彩色宝石通常不会出现溢价现象（价格在宝石品质上升的情况下呈阶梯形增长的现象），而钻石往往会因净度高而发生溢价。浅色的彩色宝石会显现瑕疵，因此需要更高的净度。色调较暗的彩色宝石，内部瑕疵可能因相对较深的体色而显得不那么重要了。
瑕疵的种类和位置在彩色宝石中更为重要。例如，一个非常接近的表面裂隙，特别是在顶部，可能是很危险的，可能会削弱宝石的耐久性。也可能打破光的连续性而显现出晕彩效应（晕彩效应通常意味着裂隙穿透了宝石表面）。这样的裂隙会影响宝石的美观，当然也会降低其价值。如果裂隙很小，且位于宝石不显眼的位置，对美观、耐久和价值的影响就减小。

一些瑕疵还能帮助宝石学家鉴定宝石，这些类型的瑕疵对宝石产地具有指示意义。比如，一个特殊的包裹体可能提供产地信息，从而导致克拉价增加。不过，应该注意的是，一颗完美的彩色宝石，克拉价会非常高，因为它实属罕见。也正因为如此，完美无瑕的红宝石、蓝宝石、袓母绿等更应该带着怀疑的眼光去审视。合成宝石通常是完美无瑕的，很容易与天然宝石混淆。
如果瑕疵削弱了宝石的耐久性，影响了其颜色，且位置非常显眼，或者数量非常多，就会显著降低彩色宝石的价格。否则，不会有过多的影响。另外，如果能够证明宝石产地，这些瑕疵还可能增加宝石的价值。緬甸红宝石和哥伦比亚袓母绿就是很好的例子。
注意：购买宝石一定要货比三家，熟悉想要购买的宝石，锻炼你的眼睛来辨别什么是“正常的，只有做到这些，你才可以决定什么是可以接受的或不能接受的。

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