最新的报告指出，大堡礁的水质被评为D级，去虽然比起之前有所改善，到仍然处于一个很不理想的水平，连续五年被建议需要加大整治污染的力度。这个长达2300公里的生态系统在2014年被UNSCO评为E级“高危”。尽管现在水质已经有一定的改善，但情况仍然严重。若情况继续恶化，大堡礁的珊瑚群可能会在2050年死亡。

今年5月澳大利亚科学家表示，澳洲大堡礁北部和中部的珊瑚至少有35%已被珊瑚白化现象摧毁。珊瑚白化是由于海水温度变暖，珊瑚及其体内的共生藻感到压力，导致为珊瑚提供绝大部分氧气和营养来源的共生藻死亡或离开珊瑚虫，仅剩下透明的珊瑚虫或白色骨骼的现象。过去18年来，由于全球变暖，这已是连续第三年大堡礁出现大规模珊瑚白化现象。目前的状况比我们以前了解的情况更极端。

澳洲科学家警告说，大堡礁珊瑚恢复生机大概需要十年或更长时间。不过，对那些已死亡的最大和最老的珊瑚群来说，恢复生机要花费更长的时间。

化肥和杀虫剂的使用加剧了珊瑚群的消失。肥料令以吃珊瑚为生的鱼类快速增加。只有分别16%和32%的甘蔗农使用了推荐的营养剂和杀虫剂。

政府目前已投入20亿澳元去改善大堡礁珊瑚群的健康状况。