对某些宝石进行热处理，只要处理结果是永久性的，都为珠宝行业普遍接受。目前市场上的大多数蓝宝石、红宝石均经过了热处理。热处理可以使宝石颜色变浅或加深，或者完全改变其本来的颜色，且可以通过熔化一些细微的丝状包裹体来提高净度。

经验丰富的宝石学家或宝石检测实验室技术员通过观察显微镜下的宝石包裹体特征，就能够判定这些宝石的颜色是否经过热处理。举例来说，蓝宝石和红宝石能耐高温，但高温也会导致宝石内部的小晶体熔化或炸裂。这些包裹体特征就是宝石经过热处理的证据。

确定一颗宝石是否经过热处理很容易，但要确定没有经过热处理往往很难。也就是说，确定宝石颜色为天然并不容易。做出这个判断需要先进的技术和设备支持，需要专业的大型实验室，即便如此，也不一定就能得到明确的结果。宝石学家必须仔细检查宝石的内部特征。有时，他们看到原始的包裹体，就可以证明颜色是天然的；有时，所见的包裹体有所改变，说明宝石经过了热处理。当宝石内部什么也没有时，则是否经过了热处理就不能确定了。
1960年以来，大多数市场出售的红宝石和蓝宝石都经过了热处理，目的是改善颜色，提高透明度。今天，进行常规热处理的宝石包括琥珀、紫晶、海蓝宝石、粉红色绿柱石（摩根石）、玛瑙、黄晶、紫锂辉石、坦桑石、粉红色托帕石，以及几个品种的碧玺和锆石。

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